屬性上：珍珠綿屬于化學材料發泡而成，而棉花則屬于純天然植物生長而成，二者有本質的區別。

性能上：棉花是天然纖維，舒適性、吸濕性都很好。但是多睡、多壓之后確實會干癟、變形。而且確實不能洗，洗了之后就不蓬松了；而珍珠棉具有隔水防潮、保溫、可塑性能佳、韌性強的特點，相較于棉花而言，不易變形。

價格上：因為生產的材料，加工的方式不同，目前市場上珍珠棉的價格較棉花的價格便宜。

環保性：二者都屬于環保材料，但是相對而言棉花屬于植物類，更加環保。

適用范圍：目前棉花主要用于加工成各種棉質家居用品和日用品而珍珠棉除了用于棉被枕頭以及公仔等的填充材料之外，還用于物品的外包裝，防止物品在運輸過程中因碰撞震動發生損壞。